Tem certeza de que não é o bug conhecido # 844881.
Quando você vai para Atividades ou pressiona o botão [Windows], somente aplicativos do espaço de trabalho atual devem estar visíveis. Se algumas janelas são exibidas sobrepostas, você é uma vítima do bug descrito acima.
A única coisa que você pode fazer é pressionar [Alt] + [F2] e digitar r
para reiniciar o Gnome Shell.