Eu lidei com isso muito facilmente usando o EasyBSD free community edition.
Inicie o aplicativo, clique em "Backup / Reparo do BCD", selecione "Alterar unidade de inicialização" e clique em "executar ação". Selecione a letra da unidade desejada (no meu caso, C :) e clique em ok. Instruções passo a passo detalhadas aqui: link
Em seguida, reinicie e entre no BIOS. Remova o disco antigo da sequência de inicialização e verifique se a nova unidade está incluída na seqüência de inicialização na ordem desejada. Salve as alterações e reinicie.