Alguns gerenciadores de janela têm problemas com a mudança de resoluções de tela - isso pode levar a janelas sendo tiradas da tela em alguns casos: O X remoto é um desses, desconectar um monitor é outro.
Ao maximizar uma janela (ou mover a janela para a área visível), você pode corrigi-la, na maioria das vezes permanentemente.
BTW: Não tem nada a ver com mono.