Você também pode usar o Amazon EBS. Isso fornecerá armazenamento em bloco persistente e alta disponibilidade, o que parece o seu objetivo. O AWS EBS é fácil de gerenciar com o console e você pode copiar volumes com facilidade.
Se você quiser manter a opção rsync, eu colocaria o comando rsync em um script, enviando a saída em um arquivo e enviando por e-mail para mim mesmo. Ou você pode monitorar os logs em busca de erros apropriados por meio de um cron job e adicionar uma notificação para esses erros no script cron. Essas opções consomem mais recursos do que usar os serviços da AWS.
No que diz respeito à parte "retificar" da questão; Não tenho certeza de como o sistema primário ficaria desatualizado. Tenho certeza de que você tem backups regulares programados e tiraria um instantâneo antes de qualquer alteração importante, para que possa ser usado para restaurar o sistema para o último estado operacional conhecido.