Existem duas coisas separadas em questão aqui. A formatação de células informa ao Excel como exibir informações depois de inseridas. Não não afeta como o Excel interpreta os dados que você está digitando nas células em branco.
Então, se você digitar:
25.12.3
em uma célula, o Excel fará com que seja uma string. Para obter uma data, você deve digitar:
25/12/2003
se sua localidade for dia / mês / ano .
É mais fácil ver o que está acontecendo examinando a barra de fórmulas.