Eu notei que isso acontece quando eu conecto qualquer dispositivo (mouse, teclado) no usb 3.0.
Então eu estou usando 1 slot usb 2.0 agora com um hub usb. Não resolve completamente o problema, mas o sistema fica com uma baixa taxa de fãs por mais tempo.
Você pode diminuir a freqüência da CPU, mas no meu caso (CPU DELL INSPIRON N7110 i7 no Linux 3.0.0-14-genérico # 23-Ubuntu SMP seg 21 de novembro 20:28:43 UTC 2011 x86_64 x86_64 x86_64 GNU / Linux) foi muito legal e ainda o mesmo barulho de fã horrível.
Caso você queira experimentar a frequência da CPU, você pode experimentar este script
#!/bin/bash
cpufreq-set -g powersave -c 0
cpufreq-set -g powersave -c 1
cpufreq-set -g powersave -c 2
cpufreq-set -g powersave -c 3
cpufreq-set -g powersave -c 4
cpufreq-set -g powersave -c 5
cpufreq-set -g powersave -c 6
cpufreq-set -g powersave -c 7
Você precisaria de cpufreq
instalado para que isso funcionasse.
sudo apt-get install cpufreq
Tente também cpufreq-info para ver o estado.