Existe uma ferramenta chamada SyncFolders que pode ser muito útil para você.
Você também pode especificar os tipos de arquivos a serem copiados e as regras de exclusões.
Os arquivos excluídos ou sobrescritos podem ser movidos para a lixeira ou para uma pasta de histórico com registro de data e hora e os arquivos históricos podem ser excluídos após um período definido pelo usuário.