Contanto que você não tenha programações adicionais em /etc/anacrontab além de diárias, semanais e mensais, ele deve funcionar imediatamente sem afetar nada, exceto os tempos de execução dos agendamentos diários / semanais / mensais. crontab padrão verifica se o anacron está instalado e executa os planejamentos mencionados se o anacron estiver ausente de /usr/sbin/ .
Para ter certeza absoluta, você pode fazer uma remoção suave apenas parando o serviço de anacron com service anacron stop e remover test -x /usr/sbin/anacron || das linhas em /etc/crontab . Quando estiver satisfeito, você pode remover o pacote.