A solução no final foi bastante simples, mas totalmente não intuitiva.
Abrir o Repository Manager na v6.1 deu-me uma mensagem de erro, que o meu arquivo repositories.xml está corrompido.
Abrindo-o em um editor decente (Sublime Text) e salvando-o com a codificação utf-8 ajudou. Depois disso, ao iniciar o Spoon novamente, o menu suspenso do repositório é colocado de volta e eu posso me conectar aos meus repositórios.
Ainda é um bug, já que assim que o Repository Manager escreve em repositories.xml, o arquivo fica corrompido.