Não, a instalação do Windows 10 a partir do USB 3.0 não falhará, supondo que você tenha os drivers corretos - instalei mais de 120 vezes a partir de pen drives USB 3.0 e USB externo usando 3.0
No entanto - como você executará a instalação no HW que não é certificada pelo Windows, o resultado não será 100%. Eu nunca fiz instalar no Mac Mini sem Bootcamp, então não posso dizer.
Bootcamp + Windows 1o via USB 3.0 funciona bem ...