Sem ver o que você está vendo, é difícil adivinhar o que está acontecendo, mas meu palpite é que você está usando conversas com guias e você não estava antes.
Para alterar isso, na lista de contatos, clique no ícone de roda dentada no canto superior direito da janela (parece um sol). Se você vir um menu pop-up com File, Meet Now, etc., vá para Ferramentas e opções.
Agora vá para a seção MI e desmarque a opção "Ativar conversas com guias" e clique em OK. Agora cada conversa será aberta em sua própria janela e fechar uma não fechará as outras.