A melhor maneira para você é usar dois volumes lógicos (claro, se você planeja usar apenas por máquinas virtuais):
/ - 50GB
/var - other space
KVM, libvirt e virt-manager não usam o diretório / home, então você não precisa criar volume para ele.
A configuração do LVM é bastante fácil. Você pode começar com um artigo de introdução sobre LVM .