Parece que o Thunderbird não sincroniza automaticamente pastas de lixo ou lixo por padrão (testou as últimas versões estáveis e beta no Windows 10). A solução foi incluir a pasta de lixo eletrônico nas configurações de sincronização de mensagens (configurações de uso off-line).
Ferramentas > Configurações da conta > Sincronização e armazenamento > Avançado > Selecione a pasta de lixo eletrônico.