O Pandoc não tem limite para a quantidade de memória que pode usar. Você pode chamar a partir do console após a instalação com este comando:
pandoc -f html -t pdf yourfile.html
Infelizmente, para converter corretamente um arquivo de 100 MB, você provavelmente precisará de pelo menos 64 GB de RAM.
Convertei com sucesso um arquivo HTML de 50MB com pandoc usando cerca de 20GB de RAM no meu computador desktop.