O crédito por esta resposta vai para o meu técnico MSY local. Ele viu este artigo: link e fez ele se perguntar se o kernel do Linux 4.4 estava restringindo o NVMe 960 EVO HDD de alguma forma. Então, atualizei da versão 4.4 do kernel para a versão 4.10 e, sem outras alterações, houve um aumento de 39% no desempenho da etapa da grade. Como bônus, houve um aumento de 3% no desempenho da etapa de cálculo da GPU.
Stage 1080Ti PC 1080Ti PC 980Ti PC
kernel 4.10 kernel 4.4 kernel 4.4
Set up 00:00:12 00:00:12 00:00:14
Create grid 00:13:45 00:22:25 00:15:50
GPU calc 00:02:20 00:02:24 00:03:25
Export results 00:00:22 00:00:22 00:00:26
Isso não confirma com certeza que o SSD 960 EVO NVMe foi a fonte do problema. Mas, pelo menos, leva o sistema ao ponto em que é mais rápido que o antigo para essa tarefa.