Seu --exclude-dir está correto, é apenas que ele afeta a recursão - mas você especificou explicitamente todos os diretórios *_it2
no arquivo glob, e isso vem antes de qualquer recursão.
Sugiro usar find
- algo como (não testado)
find . -name 2017060200_it2 -prune -name 'file00*.pjson' -execdir grep -E "PATTERN" {} \;
Bônus: date '+%Y%m%d00_it2'