Não consigo reproduzir os números citados em nenhuma das minhas máquinas. No entanto, não, você ainda não pode renomear os desktops. O que você vê nessa chave de registro parece ser apenas um identificador exclusivo, pois ele é alterado sempre que você remove e adiciona novamente uma área de trabalho.
Eu decidi executar o ProcMon enquanto criava e removia desktops, e confirmei que não havia nenhuma chave ou arquivo de registro sendo usado durante esse tempo que contivesse "Desktop 1", Desktop 2 "etc. Eu suspeito que os nomes sejam gerados na hora e a parte "Desktop" é codificada em uma DLL em algum lugar. O único lugar onde encontrei esses IDs referenciados foi em várias chaves em
"HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\SessionInfo\ApplicationViewManagement"
que eu presumo é acompanhar quais aplicativos da área de trabalho foram abertos pela última vez.