O principal objetivo de exportação do Scribus é PDF.
Todos os outros formatos de exportação estão disponíveis para seu conforto (e, uma vez que você tenha a importação EPS, a exportação EPS poderá ser fácil de criar).
Se você não está feliz com o resultado, você deve realmente exportar um PDF do Scribus e depois converter esse PDF em qualquer que seja o seu destino final.
Também - tanto quanto eu sei - a exportação EPS do Scribus, está usando o Ghostscript (GS): se você tem algum grau de conhecimento de programação, você pode dar uma olhada nos parâmetros que o Scribus está passando para GS e ver se há algo que você pode fazer para melhorar a exportação de EPS.
Por outro lado, da sua descrição do problema, temo uma incompatibilidade entre as curvas que o Scribus está fornecendo ao exportador e as que o GS pode definir para o EPS ... O que seria mais difícil de consertar. Mas não é fácil dizer nada sem ver seus arquivos e, eventualmente, ter verificado o código envolvido.