if a Windows partition could be made accessible only to such and such application
Em teoria, sim, no entanto, os malwares são projetados para ignorar essas restrições.
Talvez você pudesse ter sucesso no começo, no entanto, se muitas pessoas usassem essa estratégia, acho que os malwares também se adaptariam rapidamente.
Também criar uma lista tão positiva e sempre fornecer uma senha pode ser complicado, existem muitos programas que requerem acesso a dados por vários motivos (anti-malware, indexação, desfragmentação de disco ...)