Você precisa de um cliente de backup que seja executado fora do Windows (por exemplo, crie uma imagem do sistema) ou um que possa usar o Volume Shadow Copy (VSS). O VSS tem a vantagem de poder fazer backup de arquivos enquanto o Windows está em execução.
Isso significa que você estará vinculado a um programa.
Tenho uma boa experiência com a Veeam para fazer backups e é gratuita para uso pessoal. Ele se comporta como uma solução de backup profissional, fazendo o backup em uma programação, quando uma unidade USB é conectada e tem a capacidade de retomar um backup quando o sistema foi desligado e ligado posteriormente.