Primeiro, mova-o com Alt + F7 e mouse / touchpad:
- pressione Alt + F7 quando a janela do Nautilus estiver focada
- mova-o com o mouse ou o touchpad para posicionar
Se isso não ajudar a tentar redefinir sua posição com dconf
:
nautilus -q
dconf reset -f /org/gnome/nautilus/window-state
nautilus &