O comentário do @Rodsmith é muito relevante. Sempre tente usar a detecção automática. E eu não sabia sobre o mkrlconf, apesar de não precisar dele para resolver o meu caso.
No meu caso, o autoscript apenas detectaria a partição de inicialização e seu kernel. Nenhuma opção de kernel! Mesmo quando eu tinha acabado de inicializar manualmente inserindo essas opções, o autoscript iria ignorá-las.
Eu tive que simplesmente criar o arquivo /boot/refind_linux.conf e funcionou bem. Foi um pouco confuso o que definir como o id de inicialização para coincidir com o kernel que encontrou. Na verdade, muito confuso e ainda não tenho certeza se entendi a lógica de correspondência de string. Mas esse arquivo é lido em tempo de execução. Portanto, não há necessidade de executar nada, essa é a resposta para isso, eu acho. Basta editar o arquivo e reiniciar para experimentá-lo.