Não sei o que você faz de errado, mas o seguinte funciona no Windows 10:
Arquivo em lote chamado "test.cmd" com um atalho para ele chamado "test.lnk":
attrib +h test.lnk && REM "hide file"
pause
attrib -h test.lnk && REM "unhide file"
Esconde o atalho, pausa e unhides o atalho. Isso funciona tanto no atalho quanto no arquivo em lote.