Se o arquivo puder ser aberto normalmente no LibreOffice, você poderá usar este
libreoffice --convert-to xls myfile.html
ou
libreoffice --convert-to xlsx myfile.html
dependendo do formato desejado
Se você estiver usando uma versão antiga do LibreOffice (< 4.5), também precisará da opção --headless
libreoffice --headless --convert-to xlsx myfile.html
Você também pode usar unoconv
unoconv -f xlsx myfile.html