Você deve fornecer a chave privada para ssh-copy-id
ou nenhuma chave, como mencionado na sinopse do comando (da página de manual):
ssh-copy-id [...] [-i [identity_file]] [-p port] [-o ssh_option] [user@]hostname
ou nenhuma chave (copiará todas as chaves na localização padrão nesse caso). Usando o seguinte deve fazer o trabalho:
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa remote_host
Se não for útil, por favor, execute
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa -o LogLevel=DEBUG3 remote_host
e atualize a pergunta com a saída para investigar mais.