Solução:
Pelo Caminho, encontrei minha solução. No windows ele precisa fazer três arquivos em lote
process.bat
@ECHO OFF
start /b cm.bat
start cmd.exe /c run.bat
EXIT
cm.bat
@ECHO OFF
a.exe < input.txt > out.txt
taskkill /im a.exe /f
taskkill /im cmd.exe /f
EXIT
run.bat
@ECHO off
timeout /t 5
taskkill /im a.exe /f
taskkill /im cmd.exe /f
EXIT
Agora, execute process.bat. ele iniciará cm.bat e run.bat simultaneamente / paralelamente. Quando a.exe do cm.bat termina; cm.bat mata o run.bat e, portanto, funcionará como o tempo limite do ubuntu.