Bem, a solução é óbvia: formate a unidade com dificuldade e, a partir de agora, nunca compartilhe um disco NTFS entre o Windows e uma distribuição Linux.
Eu tenho um Lenovo B50-80 (laptop) com dois discos. Um SSD de 512GiB com Windows 10 e Ubuntu instalado separadamente, e um HD de 1TiB usado apenas para armazenamento de dados. O HDD é instalado com um caddy (substituindo o leitor de DVD).
O problema é que o computador congela completamente quando faço operações de arquivo com o HDD do Windows . Algo como copiar um vídeo de 200MiB (de ou para o HDD) me obriga a reiniciar o sistema. Não há problema no lado do Ubuntu; isso só acontece quando se trabalha com o windows.
Eu tenho usado essa configuração de discos com este e outros laptops por muitos anos. A única diferença é que agora estou usando o windows 10. Com o Windows 8/7 eu nunca encontrei um problema de compartilhamento de discos entre linux e windows. Todas as informações sobre as partições estão na próxima imagem. Eu fiz a varredura do HDD do Windows e do Ubuntu (com ferramenta nativa do Windows e GParted no Ubuntu) e nenhum problema foi encontrado. A inicialização rápida está desativada.