Eu tive um problema parecido com você. Infelizmente, não conheço a causa subjacente.
Eu estava usando o Ubuntu 16.04 no VirtualBox e tive o mesmo problema. Quando eu reinstalei o Ubuntu no VirtualBox e atualizei para o Ubuntu 17.04, o problema de som foi resolvido.
Assim, a atualização para o Ubuntu 17.04 pode resolver o seu problema, se isso for uma opção.