Primeiramente, se você não tiver nenhuma rede disponível no logon, isso poderá causar problemas nos mapeamentos de unidade (já que o processo de logon nem sempre espera pela rede). Há uma configuração de diretiva de grupo para aguardar a rede antes do logon (verifique link e link )
Em segundo lugar; se o script sendo chamado estiver executando o comando 'net use' sem o comando persist, a unidade mapeada será removida no logoff:
NET USE [/ PERSISTENT: {YES | NÃO}]
Por que não usar o GPO para mapear unidades, pois você tem uma grande variedade de opções.