bash comando no mac terminal não funciona mais

Question

Eu tenho tentado instalar o blastn no meu mac, mas ao mesmo tempo que estou confuso com o comando bash eu acho (não um especialista ...)

- using the nano command nano ~/.profile
- i've changed my PATH; export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
- now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)

-bash: export: '/Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt / X11 / bin: / usr / local / ncbi / explosão / bin ': não é um identificador válido

Como não sou especialista, estou preso a como mudar as coisas ...

    

Answer 1

Três etapas: primeiro, você provavelmente pode executar comandos do terminal . Você de alguma forma estragou o seu caminho de busca. Mas você ainda pode iniciar um programa especificando seu caminho completo.

Por exemplo /usr/local/bin/bash ainda iniciaria o bash, mesmo que / usr / local / bin / não esteja em seu caminho de busca. (ajuste o caminho conforme necessário, não tenho idéia de onde o OS X armazena o bash por padrão. Eu apenas usei o local onde o bash está no FreeBSD).

Então, sim, você pode executar comandos. E você pode usar esses comandos para consertar as coisas.

Em segundo lugar, talvez você não precise procurar todos os caminhos. Definir um novo caminho para o seu shell atual deve ser tão fácil quanto digitar export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" e pressionar enter ou retornar . Isso é apenas temporário para o shell aberto, mas tornará a recuperação muito mais fácil.

Em terceiro lugar, vamos tentar encontrar o erro e consertá-lo permanentemente.

A mensagem de erro é bem clara. Citando sua própria postagem: export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier

Algures nas suas edições é um erro. Abra o .profile novamente, restaurando temporariamente os caminhos (consulte a seção 2) ou especificando o caminho completo.

Se você tiver um arquivo de backup, restaure isso. Se não procurar por entradas como esta:

PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH ou
'PATH="$ PATH: / newfoldertosearch"

Localize suas próprias edições. Remova-os (ou remova o comentário colocando um # na frente deles e tente localizar o erro. Pode ser tão simples quanto ter um; em vez de um:. Outros que são fáceis de perder são espaços ou caracteres não imprimíveis.

Durante a edição, não feche o seu shell atual. Mantenha o trabalho conhecido (ou conhecido temporariamente restaurado) aberto e teste em um segundo shell. O que é uma boa prática para qualquer edição no seu perfil.

PS: O sinal de mais no final do ncbi-blast-2.6.0 + em uma string sem aspas pode ser o caso, mas eu não tenho nenhum OSX para testar.

    

Answer 2

Isso deve redefinir sua variável PATH para seu valor padrão e fazer com que seus comandos funcionem novamente:

PATH=$(getconf PATH)

Então, em vez de usar

export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}

use:

export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:${PATH}"

Por fim, supondo que você esteja adicionando a definição PATH a um .profile ou .bashrc , é possível testar as alterações executando bash -l . Isso invocará o bash como um subshell, mas ele será executado como se você estivesse logado. Você pode testar para ver se as mudanças estão funcionando como você deseja e então digite exit para finalizar aquela subshell e retornar ao seu shell de login original. / p>     

Answer 3

• now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)

Esta parte do seu problema estava acontecendo comigo, então o que eu fiz foi:

1) digitando export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" no terminal para fazê-lo funcionar temporariamente

2) Editando o bash_profile digitando /usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit

3) Quando eu abri meu arquivo bash_profile, percebi que a última linha export parecia realmente confusa com alguns símbolos estranhos, então eu fiz isso inteiramente com export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

Eu sou absolutamente iniciante nisso, mas eu consegui obter essas etapas, lendo peças de soluções de diferentes questões sobre SE, então espero que possa ajudar alguém.