Se você tem um monte de arquivos iso na sua unidade usb, então deve ser fácil abrir a iso e adicionar ou editar alguns arquivos, tenho certeza que o Gerenciador de arquivos (para o Gnome) pode fazer isso como um .tar.gz ou outro arquivo, se você souber quais arquivos adicionar / editar .
Mas se você "escreveu" o iso em sua própria partição em seu drive USB, provavelmente ele está em um formato de CD somente leitura (iso9660?), então você terá que encontrar & edite o arquivo iso original & então escreva. Ou, meu favorito, adicione uma partição "pessoal" ao seu drive USB e salve alguns arquivos de configuração (configurações de rede, arquivos de configuração em casa, etc), depois de inicializar o Kali ao vivo monte sua partição "pessoal" & copiar sobre os arquivos de configuração. Escreva um script para copiá-los & mata / reinicia qualquer serviço que precise ler a nova configuração também. Um logout / login pode ser necessário? Mas NÃO é um reboot, assim como qualquer live linux, todos os arquivos do sistema (em overlay / tmpfs) serão perdidos no shutdown / reboot.
Aumenta a velocidade de leitura do sistema A LOT (mas a inicialização é mais lenta)
Se você tiver um gig extra de RAM, e se o Kali o suportar (a maioria das distros baseadas no Debian) use a opção toram
boot para copiar todos os arquivos do sistema para a RAM. Então, qualquer leitura / gravação nos "arquivos de sistema" (basicamente tudo em /
que não está em uma unidade física) estará na velocidade de RAM / tmpfs, provavelmente de 2 GB a 10 GB por segundo.