Eu tinha optado por isso nas ferramentas do Ubuntu Tweak, acidentalmente. Isto foi respondido, veja askubuntu.com/a/267056/15811
Eu também não removi as ferramentas do Tweak.
Acho que a pergunta agora é: como o tweak adiciona "atalhos"? eles são atalhos? links? onde eles estão armazenados?