Bem, isso foi um erro estúpido, eu deveria ter pensado nisso antes.
De volta ao dia, quando instalei o Windows 10 neste computador, também instalei ext2fsd ( link ), para poder acessar minha partição Ubuntu do Windows. Antes do upgrade funcionou (consegui montar e desmontar manualmente a partição usando essa ferramenta) e consegui inicializar o Ubuntu sem ter que consertar a partição.
Após a atualização, algo provavelmente deu errado com a configuração do ext2fsd e ele começou a bagunçar o meu sistema de partição.
A solução foi desinstalar a ferramenta ext2fsd do Windows.