No final, tive que excluir e recriar a instância do servidor que estava usando. Isso ocorre porque as configurações padrão para o usuário raiz impediram qualquer outra forma de autenticação, mas a autenticação de chave SSH e, como tal, eu estava bloqueado para fora do servidor.
Isso significa que sob as configurações padrão do Ubuntu, a partir do escaleway, não é possível configurar o 2FA para o usuário root. É possível, no entanto, para usuários criados, seguir as instruções do Duo ou do Google com dois fatores.
Eu usarei o Duo no futuro, pois ele permite que o aplicativo seja pressionado para o 2FA e que seja aceito um simples botão, em vez de digitar uma chave de verificação. Apenas certifique-se de testar a configuração enquanto mantém uma conexão SSH aberta para evitar ser bloqueada por um erro.
