Aviso!
Esta é uma resposta à sua pergunta!
pip tem uma opção que permite processar uma desinstalação sem confirmação: --yes . Então, se você pegar todos os pacotes e executá-los um por um com o desinstalador, você removerá todos eles.
Para fazer isso você pode usar o comando xargs : ele permitirá que você use \n como um separador (veja man xargs para mais informações)
então tudo isso juntos é apenas um comando que removerá todos os pacotes do Python instalados ::
pip freeze | xargs pip uninstall --yes