Estou procurando algo semelhante e postei algumas das minhas descobertas aqui .
Cyberduck - Você pode usar o Cyberduck para sincronizar sua caixa de depósito com um disco rígido externo. Eu achei o recurso de sincronização não super confiável e não exclui arquivos removidos, ele sempre adiciona os arquivos de volta.
pCloud - pCloud substitui completamente o banco de dados e também sincroniza com o disco rígido externo, mas, novamente, a função de sincronização deles com unidades externas não é confiável. Outra opção seria Sync.com
odrive - provavelmente o melhor caminho, mas caro!
Ainda estou procurando uma solução melhor para eles.