Acho que posso ter resolvido o problema. Em vez de excluir as chaves do registro, eu as adicionei de volta e as defini para "0", o que praticamente desabilita esse recurso de energia. Já faz mais de 5 minutos desde que meu computador ligou depois de um evento wol.
Atualização: depois de alguns dias com as novas configurações, o problema nunca retornou!