A menos que você o tenha alterado, o diretório / root do diretório raiz raiz é de propriedade de root e pode ser acessado por usuários no grupo raiz. Algumas das restrições de acesso podem ser explicadas simplesmente pela falta de associação ao grupo para o novo usuário.
Para descobrir a que grupos um usuário pertence:
groups username
Para adicionar um usuário existente a um grupo:
usermod username -A groupname
Para criar um novo usuário com associação ao grupo:
useradd -G groupname1,groupname2 username
Eu não recomendaria adicionar um usuário ao grupo raiz. Eu criaria algo como um grupo "admin" e controlaria o acesso dessa maneira. Além disso, outra boa maneira de limitar o acesso root é usar o sudo