Isso geralmente significa que você está executando um Eclipse de 32 bits e Java de 64 bits ou Eclipse de 64 bits e Java de 32 bits. Ambos devem ser de 64 bits ou ambos de 32 bits.
Na caixa de diálogo de erros, você pode ver qual Eclipse você está procurando pela linha -arch
. Se você tem:
-arch x86
você tem um Eclipse de 32 bits, se for
-arch x86_64
você tem um Eclipse de 64 bits.
Existem muitos mais detalhes em este Stack Overflow questão.