@ Samuel,
Eu descobri o problema. Ao assinar usando o GPG4win, ele está gerando um arquivo de assinatura com extensão .pgp. Eu renomei isso para .sig.
Agora, quando clico com o botão direito do mouse no menu de contexto e seleciono "Descriptografar e verificar", ele está verificando o arquivo original em relação a essa assinatura.
O que eu não estou seguindo é porque o GPG4win está criando um arquivo de assinatura com extensão .pgp.