O problema é que eu adicionei uma linha a um dos meus scripts de perfil bash no servidor que estava ecoando o texto toda vez que eu fazia login, assim:
export PGVERSION=9.6
echo "PGVERSION=$PGVERSION"
O texto adicional estava confundindo o plug-in sftp do JEdit.
A solução era garantir que o texto não ecoasse a menos que estivesse falando com um terminal, então mudei a segunda linha acima para:
[ -t 0 ] && echo "PGVERSION=$PGVERSION"