Posso confirmar por experiência que esses arquivos e pastas podem ser excluídos com segurança desde que você não tenha configurado sua nova instalação do Windows para mover suas respectivas pastas para o mesma localização já.
Se você não reconfigura a nova instalação, essas pastas são apenas pastas no que diz respeito ao seu sistema, embora elas ainda possam carregar alguns atributos que podem lançar avisos quando você tenta excluí-los.