Não é exatamente "inseguro" no sentido de que você provavelmente não perderia dados se fizesse isso, mas mesmo assim, isso não é recomendado. Se você fizer isso, é recomendável não armazenar seus arquivos na partição do Windows, pois isso é o mais suscetível à perda de dados. Como tal, você nunca experimentaria nada, exceto quando você inicializasse o Linux, a partição para a unidade hibernada seria montada como somente leitura e você não seria capaz de escrever nada para ela. Forçar isso (com o ntfsfix, por exemplo) pode causar alguma corrupção, mas você ainda deve estar seguro.
Por isso, pela minha experiência pessoal (eu faço a mesma coisa), é perfeitamente seguro e possível, lembre-se de manter seus arquivos importantes em outra partição física.
Eu vinculei alguns recursos aqui (inicialização rápida é uma forma de hibernação):