para saber qual dll você precisa copiar para cada programa que você pode usar cygcheck
$ cygcheck /usr/bin/bash |grep -iv windows
E:\cygwin64\bin\bash.exe
E:\cygwin64\bin\cygwin1.dll
E:\cygwin64\bin\cygiconv-2.dll
E:\cygwin64\bin\cygintl-8.dll
E:\cygwin64\bin\cygncursesw-10.dll
E:\cygwin64\bin\cygreadline7.dll
como árvore, você precisa ter pelo menos
/
/bin
/tmp
/usr/bin (empty, will be mounted)
Também pode ser lib
usr/lib