Eu tive um problema semelhante com meu laptop fazendo cálculos extensivos no verão, trabalhando em um quarto sem ar condicionado.
1) Eu resolvi ligar um ventilador USB no laptop e apontando a corrente de ar para o ponto mais quente do caso.
2) Se você precisa empilhar um laptop sobre o outro eu recomendo você deixa algum espaço vertical entre os dois.
3) Isso depende do seu computador, mas do meu (um antigo MacBook Pro) é importante manter a tela aberta e distante do teclado porque a parte mais quente do case está na parte superior do teclado. O ar precisa fluir para lá.
4) Você pode considerar comprar um bloco de resfriamento de laptop ou um ventilador externo ( procure no site amazon.com )