Você pode fazer isso com o torram ( link ). Ele mescla o conteúdo de vários diretórios de download em um. Então, com base em que os diretórios são:
/ MyDownloads / FolderA / MyDownloads / FolderB
você pode usar:
torram -c -o <output_directory> <yourtorrentfile.torrent> /MyDownloads