Eu tenho exatamente o mesmo problema com meus sistemas Gentoo, especialmente aqueles em ambientes virtuais. Por alguma razão, o ntp-client é chamado muito rapidamente depois que a rede é iniciada e, neste momento, a resolução de DNS não funciona. Eu posso resolver esse problema editando o /etc/init.d/ntp-client e adicionando a linha sleep 5 da seguinte forma:
start() {
checkconfig || return $?
ebegin "Setting clock via the NTP client '${NTPCLIENT_CMD}'"
sleep 5;
"${NTPCLIENT_CMD}" ${NTPCLIENT_OPTS}
eend $? "Failed to set clock"
}
5 segundos de sono é o tempo mínimo que funciona para mim.