Eu ficaria incrivelmente surpreso se qualquer firmware ou bios estivesse danificado.
Inicialize no Ubuntu e copie todos seus documentos, filmes, músicas, etc. para um disco rígido portátil. (O malware do Windows não pode fazer nada no Linux, por isso é totalmente seguro.)
Desconecte o disco rígido USB e, em seguida, grave uma nova tabela de partições com o Gparted e tudo ficará bem. (Isso excluirá todas as partições e todos os dados do disco rígido interno.)
Reinstale o Windows 7 (ou 10 do Microsoft ISO oficial disponível para qualquer pessoa.)
(Grave o ISO de uma instalação do Ubuntu e não a sua instalação atual do Windows, use Xburn ou K3B. O gravador de disco padrão do Ubuntu (Brasero) não é confiável)
Editar: para ter certeza de que não há malware autorun no Windows em seu armazenamento USB, crie uma nova tabela de partições para isso também antes de fazer o backup de suas coisas.
Lembre-se de escrever tabelas de partição e excluir ou formatar partições excluirá todos os dados.