Você está certo de que seus sistemas de arquivos Linux não devem ter sido afetados. Embora não seja possível ter 100% de certeza de nada, é tão raro quanto um panda voador.
Copiar seus dados para seus sistemas de arquivos Linux seria uma boa idéia. Mesmo nos raros casos de vírus que se ligam a documentos, como vírus de macro (provavelmente o seu caso), abri-lo em um computador limpo com proteção antivírus adequada é normalmente muito seguro.
Enquanto seu amigo está certo de que há maneiras de fazer uma varredura mais completa do computador para limpá-lo sem reinstalar, você nunca saberia se ele realmente limpou tudo. Esse é um risco que ninguém deveria correr, pois os vírus são desenvolvidos para serem difíceis de identificar e, muitas vezes, abrem as portas de trás dos antivírus.