Você pode formatar a unidade completa ou uma partição. Se você tem setores defeituosos e deseja formatar a unidade inteira, não será possível fazer isso se houver um sistema operacional dentro desse sistema operacional. Você terá que inicializar a partir de outra mídia e formatar a unidade e, em seguida, reinstalar o sistema operacional.
Mas, acima de tudo, obtenha o HD Tune e execute uma varredura completa para ver se você realmente tem setores ilegíveis. Além disso, veja o S.M.A.R.T. valores no mesmo programa.